История института берет свое начало в 2000 году, когда на базе ликвидированного военного училища была открыта Пермская средняя специальная школа Минюста России. В 2004 году школа получила статус колледжа и уже в 2008 году на его базе появляется Пермский институт ФСИН России.
3 апреля в Пермском институте ФСИН России проведен 21 выпуск специалистов подразделений ветеринарной службы ФСИН России, прошедших повышение квалификации.